威海市档案馆自1987年建馆以来，通过定期接收和广泛征集，馆藏数量不断增加，内容日益丰富，结构不断优化。至2023年年末，馆藏档案292个全宗，27.74万卷、34.11万件；馆藏资料3.12万册。馆藏档案、资料上架排列总长度3524米。

明清档案  共11卷、12件，主要由两部分内容构成：一是1507—1899年形成的皇帝圣旨，主要有明正德、万历年间和清康熙、乾隆、嘉庆、同治、光绪年间皇帝褒嘉地方官吏及亲属的诰命书、敕命书，这部分档案是馆藏中年代最早的档案；二是甲午战争时期清军机处、总理衙门、海军衙门和山东巡抚衙门有关甲午战争等方面的电文、奏折。

威海卫海关档案 共6卷，形成于1922—1940年。主要内容有：海关总税务司署统计科关于1922—1931年各埠海关的报告；威海法院、荣成县石岛商会、威海管理公署公安局、烟台统税分局、威海卫稽征所、威海卫商会、荣成县政府、文登县政府、驻烟台日本领事馆关于征免税和缉私等问题的来往信函等。

英租威海卫历史档案 该部分档案取自国外，共有文书档案2272卷。主要由两部分内容构成：一是形成于1898—1930年的（英）威海卫行政长官文档；二是形成于1930—1941年的英国驻威海卫领事馆档案。

威海卫特别行政区管理公署档案 该部分档案取自中国第一、第二历史档案馆及台湾档案管理机构，共493卷，多形成于1930—1942年。主要内容包括威海卫行政区接管筹收报告、管理公署年报、重大施政措施、地方行政管理、对外经济往来等。

南非金矿华工档案  共176卷，形成于1895—1910年，包括华工登记名册、转运记录、日常管理、生活待遇、反抗事件、家信等。

革命历史档案  共248卷，形成于1941—1949年。主要内容包括中共中央、中共中央华东局、中共中央山东分局、山东省政府、胶东区党委和行署、东海地委和专署关于组织人事、宣传、群运、农业、教育工作的指示、命令、决定，以及威海卫市委、工委、行政办事处、市政府及所属部门有关经济、政治、文化和社会生活等方面的记录。

中华人民共和国成立后文书档案  该部分档案是馆藏档案的主体，共3.54万卷、30.17万件，形成于1949—2022年。主要是县级和地级威海市委、市政府及所属工作部门形成的有关经济、政治、文化和社会生活等方面的记录；中共中央和国务院、山东省委和省政府等上级机关及烟台地委和行署形成的有关方针政策及法规性文件。

音像档案  共有照片10.31万张、录音录像总时长967.09小时。包括威海不同历史时期风景名胜、道路桥梁、房屋码头、城市建筑、重大历史事件照片；党和国家领导人视察威海的照片；外国友人、海外华侨参观访问威海的照片；威海市重大活动的照片、录音、录像等。

专业档案  共23.79万卷，形成于1951—2022年。主要有新闻档案、公证档案、土地档案、职称档案、统计档案、仲裁档案、社保档案等。

专题档案 共172卷、3.22万件，形成于2003—2023年。主要有人居节、“5·29”山火、疫情防控、精准扶贫、先进性教育、“不忘初心、牢记使命”主题教育、党史学习教育、重大体育赛事、韩博会等档案。

人物档案 共3500件，主要有刘明祖、邱铁铠、毕克官、唐毓斌、殷树山、马少童等威海籍和在威海工作生活的著名人物的个人档案以及24位援鄂医务人员抗疫资料。

实物档案  共3586件，主要包括中华人民共和国成立前，威海流通的钱币、使用的服饰、课本、生产生活用具等；中华人民共和国成立后，威海市获得的国家级、省级荣誉称号的奖牌、奖杯、证书等；威海各项重大活动纪念品、各级领导到威海考察调研工作时的题词；外国友人、海外华侨及兄弟省市赠送的礼品；字画及撤销单位的印章等。

馆藏资料  分为图书、期刊和报纸等，共3.12万册。其中年代较为久远的有清康熙刻本《春秋左绣》，康熙抄本《威海卫志》，乾隆刻本《威海卫志》，雍正刻本《文登县志》，嘉庆刻本《孝经》，20世纪上半叶出版的《威海日报》《黄海潮报》《威海新威日报》，1967年在台湾复刊的《东方杂志》和1962年在台湾创刊的《传记文学》等。